既にご存知かと思いますが、国土交通省より「技術者及び現場代理人の適切な配置」について課長通知が平成２５年２月５日付で発出されております。
建設業法・建設業法施行令に関わる取り扱いですので、再確認していただけたらと思います。
http://www.mlit.go.jp/common/000987346.pdf
http://www.mlit.go.jp/common/000987301.pdf
（リンク先国土交通省ホームページ）
各公共工事等により取り扱いが異なる可能性がありますので、従前の通りか上記通知に基づく取り扱いなのかは確認する必要があります。